Специфической ДНК
Далее происходит интеграция вирус-специфической ДНК с хромосомами клетки хозяина и переход вируса СПИД в следующие клеточные генерации при каждом клеточном делении. Массовая гибель Т-хелперов происходит в связи с взаимодействием вирусного белка на поверхности зараженных клеток с CD4 на поверхности незараженных клеток. Таким путем одна зараженная клетка может присоединить к себе до 500 незараженных. Образуется гигантская многоярусная нежизнеспособная структура, что усиливает эффект гибели клеток у больных СПИДом. Инфицированные клетки, особенно Т-хелперы, впоследствии погибают в результате лизиса. Одновременно уменьшается количество естественных Т-киллеров. В итоге развивается прогрессирующая лимфопения со снижением функциональной активности в основном Т-киллеров и Т-хелперов. Наконец, клетки гибнут вследствие деятельности самой иммунной системы: начиная со 2—4-й недели после заражения, развивается иммунный ответ хозяина на инфицировавший его вирус. Одним из видов иммунного ответа хозяина, который существенно влияет на распространение вируса, является выработка нейтрализующих антител к белкам ВИЧ.